Python 使用 VTK 讀取 DICOM 影像教學與範例

介紹如何在 Python 中使用 VTK 函式庫讀取 DICOM 影像。

vtkDICOMImageReader 讀取單一檔案 DICOM 影像

若要以 VTK 讀取單一檔案的 DICOM 影像，可以使用 vtkDICOMImageReader 並指定檔案位置即可：

import vtk

# 建立 vtkDICOMImageReader
dicomReader = vtk.vtkDICOMImageReader()

# 指定 DICOM 檔案
dicomReader.SetFileName("myfile.dcm")

# 讀取 DICOM 影像
dicomReader.Update()

# 取得 DICOM 影像
img = dicomReader.GetOutput()

# 顯示影像資訊
print("Scalar Type:", img.GetScalarTypeAsString())
print("Origin:", img.GetOrigin())
print("Extend:", img.GetExtent())
print("Spacing:", img.GetSpacing())

vtkDICOMImageReader 讀取 DICOM 影像序列

vtkDICOMImageReader 亦可用於讀取 DICOM 影像序列，只要指定 DICOM 序列檔案的所在目錄即可：

import vtk

# 建立 vtkDICOMImageReader
dicomReader = vtk.vtkDICOMImageReader()

# 指定 DICOM 檔案所在目錄
dicomReader.SetDirectoryName("/my/dicom/folder")

# 讀取 DICOM 影像
dicomReader.Update()

# 取得 DICOM 影像
img = dicomReader.GetOutput()

# 顯示影像資訊
print("Scalar Type:", img.GetScalarTypeAsString())
print("Origin:", img.GetOrigin())
print("Extend:", img.GetExtent())
print("Spacing:", img.GetSpacing())

vtkDICOMImageReader 在讀取 DICOM 影像序列時，如果該目錄中包含多組影像序列（包含多個 Series Instance UID），則 vtkDICOMImageReader 就只會依據第一個找到的 Series Instance UID 來讀取 DICOM 影像序列，其餘的 DICOM 影像則不會被讀取到，所以在使用 vtkDICOMImageReader 讀取 DICOM 影像序列時，必須先確認同一個目錄中僅包含同一個 Series Instance UID 的 DICOM 影像，避免遺漏部分的影像。

標準的 VTK 函式庫所提供的 DICOM 影像讀取功能非常有限，若需要讀取較複雜的 DICOM 影像，可以參考 vtk-dicom，或是改用 SimpleITK 或 Pydicom 來讀取 DICOM，再透過 NumPy 與 VTK 的轉換，將影像轉換為 VTK 格式。

參考資料：discourse.vtk.org