• 跳至主要導覽
  • 跳至主要內容
  • 跳至主要資訊欄
Office 指南

Office 指南

辦公室工作實用教學

  • Excel
  • Word
  • PowerPoint
  • Windows
  • PowerShell
  • R

SimpleITK 使用 LabelOverlay 套疊標註影像教學與範例

介紹如何使用 SimpleITK 的 LabelOverlay 將標註影像(label image)自動套用色彩後,疊加在原始影像上。


在檢視原始影像與標註影像的對應時,除了用 LabelToRGBImageFilter 將標註影像轉為 RGB 彩色影像之外,也可以利用 LabelOverlay 自動將標註影像轉為 RGB 彩色影像之後,直接疊在原始影像上面。

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 讀取平均腦影像檔案
avgImage = sitk.ReadImage("average_template/average_template_25.nrrd")

# 讀取影像標註檔案
anoImage = sitk.ReadImage("annotation/ccf_2017/annotation_25.nrrd")

# 將影像轉為 8 位元無號整數
avgImageUint8 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(avgImage,
                  outputMinimum=0, outputMaximum=255), sitk.sitkUInt8)

# 套疊標註影像
overlay = sitk.LabelOverlay(avgImageUint8, anoImage, opacity=0.4)

# 顯示影像切面
nda = sitk.GetArrayViewFromImage(overlay)
fig, axs = plt.subplots(1, 3, figsize=(15, 5))
axs[0].imshow(nda[nda.shape[0]//2,:,:])
axs[1].imshow(nda[:,nda.shape[1]//2,:])
axs[2].imshow(nda[:,:,nda.shape[2]//2])
plt.show()
套疊標註影像
套疊標註影像

通常影像分割(image segmentation)所產生的二進位(binary)遮罩影像,也都會使用 LabelOverlay 來套疊,方便觀察分割結果(程式碼都相同,只是檔案內容不同而已):

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 讀取平均腦影像檔案
avgImage = sitk.ReadImage("average_template/average_template_25.nrrd")

# 讀取影像分割遮罩檔案
anoImage = sitk.ReadImage("annotation/ccf_2017/structure_masks/structure_masks_25/structure_477.nrrd")

# 將影像轉為 8 位元無號整數
avgImageUint8 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(avgImage,
                  outputMinimum=0, outputMaximum=255), sitk.sitkUInt8)

# 套疊遮罩影像
overlay = sitk.LabelOverlay(avgImageUint8, anoImage, opacity=0.4)

# 顯示影像切面
nda = sitk.GetArrayViewFromImage(overlay)
fig, axs = plt.subplots(1, 3, figsize=(15, 5))
axs[0].imshow(nda[nda.shape[0]//2,:,:])
axs[1].imshow(nda[:,nda.shape[1]//2,:])
axs[2].imshow(nda[:,:,nda.shape[2]//2])
plt.show()
套疊遮罩影像
套疊遮罩影像

分類:Python 標籤:ITK, Visualization

讀者互動方式

發佈留言 取消回覆

發佈留言必須填寫的電子郵件地址不會公開。 必填欄位標示為 *

主要資訊欄

搜尋

近期文章

  • Linux 檢查、測試 CPU AES-NI 硬體加速加密指令集教學
  • CentOS Linux 7.9 自行編譯、安裝 OpenSSH 9.0p1 伺服器教學與範例
  • Python 使用 zipfile 模組壓縮、解壓縮 ZIP 檔案教學與範例
  • Python 以 LINE Notify 自動傳送即時訊息、圖片教學與範例
  • Linux 使用 Prometheus 與 Grafana 監控伺服器狀態、發送告警 Email 簡訊教學與範例
  • Linux 設定 pam_tty_audit 記錄 SSH 使用者操作指令教學與範例
  • Linux 封鎖、解鎖登入失敗次數過多的帳號 pam_faillock 教學與範例
  • Python 使用 pytube 自動下載 YouTube 影片教學與範例

推薦網站

  • Udemy 線上教學課程
  • Coursera 線上教學課程

關注本站

  • 電子郵件
  • Facebook

公益

  • 家扶基金會
  • 台灣世界展望會
  • Yahoo 奇摩公益
  • igiving 公益網
  • 兒福聯盟

Copyright © 2021 · Office Guide