Python SimpleITK 影像處理教學：讀取、寫入 NIfTI 影像

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 讀取與寫入 NIfTI 影像檔案。

NIfTI 影像

NIfTI 影像格式全名為 Neuroimaging Informatics Technology Initiative，是一種專門為神經影像資料設計的格式，早期多應用於 fMRI 影像上。

NIfTI 目前有兩種版本，分別為 NIfTI-1 與 NIfTI-2，NIfTI 官方網站上有提供 NIfTI-1 範例影像與 NIfTI-2 範例影像可做為測試使用。

讀取 NIfTI 影像

從 NIfTI 官方網站下載 NIfTI-1 測試影像檔案：

# 下載 NIfTI-1 測試影像檔案
wget https://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data/avg152T1_LR_nifti.nii.gz

在 Python 中使用 SimpleITK 的 sitk.ReadImage() 函數讀取 NIfTI-1 影像檔案：

import SimpleITK as sitk

# 讀取 GZip 壓縮的 NIfTI 影像檔
image = sitk.ReadImage('avg152T1_LR_nifti.nii.gz')

sitk.ReadImage() 函數亦可讀取普通的 NIfTI 影像檔案：

# 讀取 NIfTI 影像檔
image = sitk.ReadImage('avg152T1_LR_nifti.nii')

以 SimpleITK 讀取影像之後，就可以依照 SimpleITK 的處理方式來處理影像：

# 影像維度
print(image.GetDimension())

3

# 影像大小
print(image.GetSize())

(91, 109, 91)

關於更多 SimpleITK 的影像處理方式，可以參考 Python SimpleITK 影像處理教學：基本影像讀取與檢視。

寫入 NIfTI 影像

若要將 SimpleITK 的影像寫入壓縮的 NIfTI 檔案，可以直接使用 sitk.WriteImage() 函數來處理：

# 寫入 GZip 壓縮的 NIfTI 影像檔
sitk.WriteImage(image, "output.nii.gz")

若不想壓縮檔案，亦可以普通的 NIfTI 檔案來儲存：

# 寫入 NIfTI 影像檔
sitk.WriteImage(image, "output.nii")