Linux 使用 HAPI FHIR 伺服器進行醫療資訊交換教學與範例

介紹如何在 Ubuntu Linux 中使用最基本的 HAPI FHIR 伺服器，進行醫療資訊的交換。

HAPI-FHIR Starter 伺服器

首先安裝基本的 JDK 與 Maven 開發工具，JDK 的版本要在 8 以上：

# 安裝 JDK 與 Maven
sudo apt install default-jdk maven

從 hapi-fhir-jpaserver-starter 專案的 GitHub 網頁下載最新的原始碼：

# 下載 hapi-fhir-jpaserver-starter 原始碼
git clone https://github.com/hapifhir/hapi-fhir-jpaserver-starter.git

hapi-fhir-jpaserver-starter 預設會使用 H2 Java 資料庫，所以可以直接執行使用：

# 執行 HAPI-FHIR Starter 伺服器
cd hapi-fhir-jpaserver-starter/
mvn jetty:run

執行 HAPI-FHIR Starter 伺服器之後，開啟機器的 8080 連接埠就可以看到 HAPI-FHIR Starter 伺服器的畫面了。

新增 Patient 資料

架設好 FHIR 伺服器之後，就可以利用 FHIR 的協定進行操作。

若要將一筆 Patient 資料新增至 FHIR 伺服器，可以使用 curl 以 POST 的方式送出 JSON 格式的 Patient 資料，並將 Content-Type 指定為 application/fhir+json：

# 新增一筆 Patient 資料
curl -v -X POST --header 'Content-Type: application/fhir+json' --data '{
  "resourceType": "Patient",
  "identifier": [ {
      "system": "urn:oid:1.2.36.146.125.789.0.1",
      "value": "12345"
  } ],
  "name": [ {
      "family": "Chalmers",
      "given": [ "Peter", "James" ]
  } ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1987-12-25"
}' http://localhost:8080/fhir/Patient

也可以使用 Postman 來進行測試，送出的 JSON 資料以及 Content-Type 的設定都與上面 curl 的範例相同：

查詢 Patient 資料

查詢所有的 Patient 資料：

# 查詢所有的 Patient 資料
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient

查詢 family name 欄位包含 Chalmers 的 Patient 資料：

# 查詢 family name 包含 Chalmers 的 Patient 資料
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient?family=Chalmers

查詢 id 為 1553 的 Patient 資料：

# 查詢 id 為 1553 的 Patient 資料
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient/1553

更新 Patient 資料

若要更新既有的 Patient 資料，可以使用 PUT 送出包含 id 的 Patient 資料：

# 更新一筆 Patient 資料
curl -v -X PUT --header 'Content-Type: application/fhir+json' --data '{
  "resourceType": "Patient",
  "id": "1553",
  "identifier": [ {
      "system": "urn:oid:1.2.36.146.125.789.0.1",
      "value": "12345"
  } ],
  "name": [ {
      "family": "Chalmers",
      "given": [ "Peter", "James" ]
  } ],
  "gender": "male",
  "birthDate": "1987-12-25",
  "address": [ {
      "line": [ "534 Erewhon St" ],
      "city": "PleasantVille",
      "state": "Vic",
      "postalCode": "3999"
  } ]
}' http://localhost:8080/fhir/Patient/1553

查詢 Patient 資料歷史記錄

FHIR 伺服器會自動儲存資料的歷史記錄，我們可以用以下指令查詢 id 為 1553 的 Patient 資料歷史記錄：

# 查詢 id 為 1553 的 Patient 資料歷史記錄
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient/1553/_history

以下指令可以查詢指定版本的 Patient 資料：

# 查詢 id 為 1553 的 Patient 資料（第 1 版）
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient/1553/_history/1

# 查詢 id 為 1553 的 Patient 資料（第 2 版）
curl -v http://localhost:8080/fhir/Patient/1553/_history/2

補丁 Patient 資料

若要對一筆 Patient 資料進行補丁（只修改部分欄位的資料，其餘資料維持不變），可以使用 PATCH 的方式：

# 對一筆 Patient 資料進行補丁
curl -v -X PATCH --header 'Content-Type: application/json-patch+json' --data '[
 { 
   "op": "replace", 
   "path": "/address/0/postalCode", 
   "value": "M5C 2X8" 
 },
 { 
   "op": "replace", 
   "path": "/birthDate", 
   "value": "1974-02-13" 
 }
]' http://localhost:8080/fhir/Patient/1553

刪除 Patient 資料

若要刪除 Patient 資料，可以使用 DELETE 並指定 Patient 的 URL：

# 刪除一筆 Patient 資料
curl -v -X DELETE https://localhost:8080/fhir/Patient/1553

參考資料

• Smile CDR：FHIR CRUD Operations
• 陽明大學／FHIR 快速跳坑指南
• HAPI FHIR 官方文件
• HL7：Open Source FHIR implementations